La paix régnait en maître dans tous les mondes dimensionnels, le mal ayant été déchu par leurs héros respectifs. Mais Philibert Doofenshmirtz, un être venant d'un monde où tout est des plus banal préparait dans l'ombre un plan bien plus vil que tout ses pseudos méchants qui jouaient à la dînette, enfin selon ses dire. Cet homme, scientifique au chômage pour avoir testé des expériences inappropriées voir interdit et carrément loufoque cherchait le pouvoir et surtout l'admiration des autres. Mais ce désir de reconnaissance l’emmena vite à se faire détester de tous, de part ses actions tordus et malsaines.

S'il n'obtenait pas ce qu'il voulait dans son monde tant pis, il irait donc voir ailleurs. Philibert créa donc une machine inter-dimensionnelle dans le but de créer son monde à lui et tout ce qu'il désirait s'y trouverais. C'est ainsi que tout les mondes dimensionnels se mélangèrent et que tout les héros se retrouvèrent sur Spira. Tout se détraque et le chaos s’abat bien vite sur ce monde. Était-ce voulu ? Qui sait...

Mais les héros des divers mondes de Final Fantasy ne sont pas les seuls a avoir été amener sur Spira. Les grands méchants de ces mondes sont également présent, allez vous œuvrez pour le bien ou rejoindre l'armée du mal afin de répandre encore plus le chaos. Choisis ta voie, accomplis des quêtes, gagne assez d'argent pour obtenir le meilleur des équipements et vie ton aventure !